Erst im 18. Jahrhundert wurde erstmals der Versuch von dem Gelehrten Carl Linnaeus unternommen, Pflanzen und Tiere anhand von zahlreichen äußeren Merkmalen zu klassifizieren. Bei dieser äußerst lebensfüllenden Aufgabe beschränkte er sich allerdings nicht nur auf das Erkennen von Unterschieden einzelner Arten, er fand auch für ähnliche Gruppen wiederum Oberbegriffe und erschuf ein umfangreiches hierarchisch aufgebautes Klassifikationsschema, welches noch heute gebräuchlich ist. Er gliederte absteigend in Stamm, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Art. Allerdings ging Linnaeus noch von der Konsistenz der Arten aus. Er nahm jeden Unterschied als gottgegeben an, Entwicklungen sah er in seinem Modell nicht vor.
Doch schon kurze Zeit später verkündete der französische Gelehrte Lamarck hingegen in seinem Buch “Philosophie Zoologique” (1809) eine neue Theorie, die Veränderungen von Arten vorsieht. Nach seiner Ansicht können Lebewesen Merkmale entwickeln, wenn sie das entsprechende Organ verstärkt benutzen. Als Beispiel zog er die Giraffe heran, deren ständig gestreckter Hals durch Abgrasen höhergelegener Blätter im Laufe des Lebens länger wird. Hinzu kommt, dass Tiere diese erworbenen Merkmale an ihre Nachfahren weitervererben können. Diese Theorie sorgte für heftige Diskussionen. Experimente unter anderem mit Mäusen, die trotz abgeschnittenem Schwanz stets Nachkommen mit ausgebildetem Schwanz hervorbrachten, schienen diese These allerdings zu widerlegen.
Somit dauerte es nicht lange, bis der Engländer Charles Darwin 1858 die berühmte Evolutionstheorie verkündete. Diese beinhaltet im Wesentlichen zwei Annahmen, die bis heute ihre Gültigkeit behalten haben:
1.) Biologische Arten verändern sich durch zufällige Einflüsse (heutige Begriffe: Mutation und Variation)
2.) Bei gegebenen Umweltbedingungen (die auch Änderungen unterworfen sind) überleben Arten mit vorteilhaften Änderungen bevorzugt, es existiert also eine natürliche Auslese.
In den 40er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde der Begriff der Synthetischen Evolutionstheorie geprägt. Unter diesem Begriff versteht man die Verknüpfung aus dem Modell von Darwin mit den Erkenntnissen aus der Zellforschung und dem noch jungen Zweig Genetik. Bisher verglich man Lebewesen einzig anhand ihrer morphologische Eigenschaften. Die neue Erkenntnis war, dass Gene Träger dieser Merkmale sind, der Phänotyp ist infolgedessen die Ausprägung der gesamten genetischen Informationen eines Organismus.
(Berechnung phylogenetischer Bäume mit Distanzmaßen, Stephan Klinger, Benjamin Großmann, Seminar: Verwandtschaft und Abstammung in Zeichenketten, WS 2004/2005)